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1958－1959年，严恺会同上海航道局、南京水利科学研究所、华东师范大学河口海岸研究室的专家，动用了40多条船、1000多人，先后三次对长江口进行了大规模的水下地形测量与水文测验。有了这些宝贵的水下地形和水文资料，就使我们的长江口科研工作有了科学的依据。 1960年，交通部成立长江口整治研究领导小组，严恺担任领导小组的组长。
1961年的反右倾的政治浪潮盖过了大海的潮汐，整治工作中断。
1962年，广州会议召开，长江口整治研究工作得以复苏。
长江口整治列入了国家科委的十年规划，并于1963年在交通部领导下组成长江口研究委员会，下设综合技术组，负责制订科研计划和协调试验研究工作。通过现场调查和资料分析，基本上掌握了长江口的一些特征和演变规律。
1966年“文化大革命”爆发，长江口的整治工作被迫停止。
1973年，南京水科院制作了长江口模型，并开始了长江口的物理模型试验研究工作。
1979年底，经国务院批准，成立长江口航道治理工程领导小组，严恺担任小组成员，并兼任科研技术组组长。
1983年9月，国务院成立长江口开发治理领导小组，并于1984年扩大为长江口及太湖流域综合治理领导小组，严恺担任领导小组成员并兼任科技组组长。
1988年底，按照国务院机构改革统一规定，领导小组被撤消，长江口治理工作陷入停顿状态。
1998年1月27日，长江口深水航道治理工程正式开工。
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